Konsolidierung der Reformation
Da sich in deutschsprachigen Gebieten zunächst kein katholischer Bischof der Reformation anschloss und eine willkürliche Ausgrenzung Andersgläubiger für Luther von Gott verbotene Amtsanmaßung war, bat er 1525 den sächsischen Kurfürsten darum, als herausragendes Mitglied der Kirche deren Visitation – d.h. die Überprüfung des Klerus auf Glaubenstreue und Amtsführung im Sinne des Evangeliums – anzuordnen. Dieses pragmatische und situationsbedingte Notkonzept wurde bald zur Regel in evangelischen Gebieten und begünstigte dort die Entwicklung zu konfessionellen Landeskirchen, die von den Landesfürsten geschützt, aber auch gelenkt und abhängig waren.[14]
Als die katholischen Reichsstände 1529 auf dem zweiten Reichstag zu Speyer die Aufhebung der bisherigen partiellen Duldung der Evangelischen durchsetzten, legten die evangelischen Stände (fünf Fürstentümer und 14 Städte aus Oberdeutschland) die Protestation zu Speyer ein. Seitdem nennt man die evangelischen Christen auch Protestanten. Beim folgenden Reichstag zu Augsburg 1530 wollten Luthers Anhänger den protestantischen Glauben reichsrechtlich anerkennen lassen. Dazu verfasste Melanchthon das protestantische Glaubensbekenntnis, die „Confessio Augustana“, die Kaiser Karl auf dem Augsburger Reichstag überreicht und schließlich von ihm geduldet wurde. Luther konnte als Geächteter nicht daran teilnehmen und unterstützte seine Anhänger von der Feste Coburg aus, kritisierte aber auch einige der Kompromissformeln Melanchthons als zu entgegenkommend.
Spätzeit
In den Türkenkriegen (1521-1543) forderte Luther den Kaiser und die Reichsstände 1529 angesichts der Belagerung Wiens wie viele andere Theologen zum gemeinsamen Verteidigungskrieg auf, jedoch anders als diese mit vehementer Ablehnung der Kreuzzugsidee. Seit 1535 rief er jedoch in einigen Schriften dazu auf, den „Feinden Christi“ mit schärfstem Zorn zu begegnen. So befürwortete er gegen seinen Grundsatz Ketzer verbrennen ist wider den Willen des Heiligen Geistes (1519) die Verfolgung der Täuferbewegung. 1535 beendeten katholische wie evangelische Fürsten gemeinsam das Täuferreich von Münster. 1543 erschien „Von den Juden und ihren Lügen“ (s.u.), 1545 „Wider das Papsttum zu Rom, vom Teufel gestiftet“.
Inschrift auf Luthers Grab, Schlosskirche Wittenberg
Trotz eines schon länger währenden Herzleidens reiste er im Januar 1546 über Halle nach Eisleben, um einen Streit des Grafen von Mansfeld zu schlichten. Er starb am Zielort am 18. Februar 1546. Sein Leichnam wurde nach Wittenberg überführt und am 22. Februar in der Schlosskirche beigesetzt.